Особливу увагу науковці приділяють рідкісним видам осетрових риб. Під час польових робіт проводиться оцінка нерестових міграцій, облік скату молоді та дослідження генетичної структури популяцій. У межах спеціальної програми з вивчення осетрових риб пониззя Дунаю здійснюється відбір генетичних проб, які аналізуються партнерами Інституту з Німеччини — фахівцями Інституту Лейбніца. Передача зразків відбувається відповідно до міжнародних вимог CITES, що регулюють переміщення наукових матеріалів рідкісних видів.
Під час останньої експедиції за допомогою малькового тралу було зафіксовано значну кількість молоді стерляді. Після проведення досліджень усі особини були повернуті до природного середовища у живому вигляді.
Окрім цього, науковці оцінили ефективність нересту дунайського оселедця. В іхтіопланктонних пробах виявлено значну кількість його личинок, що свідчить про успішне природне відтворення виду.
Також було проведено аналіз популяційної структури інвазійної річкової креветки Macrobrachium nipponense, яка останніми роками набуває промислового значення у водоймах регіону.
